El Archivo Histórico es un área adscrita al Archivo General del Estado, cuyo objeto es la organización, descripción, preservación y difusión del acervo documental que tiene a su resguardo. Este material, principalmente, es de naturaleza histórica y fue producida, en su momento, por las diferentes dependencias, entidades y unidades de apoyo de la administración pública estatal.

Esta institución es un repositorio de los documentos que han cumplido su plazo de conservación y que, luego de una minuciosa valoración, son trasladados del Archivo de Concentración al Archivo Histórico, en donde se reconoce su valor como fuentes documentales para los investigadores y el público en general.

De igual manera, el archivo administra colecciones hemerográficas, fotográficas, cartográficas y bibliográficas, que también se organizan y conservan para la consulta de las personas interesadas.

Con el fin de facilitar el acceso a los acervos, el Archivo elabora y actualiza instrumentos de descripción como las guías, catálogos, índices e inventarios. A su vez, restaura el material documental que presenta deterioro, para optimizar su estado y posibilitar su préstamo.

El Archivo también desarrolla proyectos de investigación histórica y archivística, orientados a la organización, conservación y difusión del patrimonio documental que resguarda; entre estos proyectos se puede contar el boletín.

El Archivo Histórico del Archivo General del Poder Ejecutivo de Guanajuato es, pues, un administrador y facilitador de la memoria de los guanajuatenses.

El origen del Archivo General del Estado se remonta a 1824, dos años antes de la conformación del Estado de Guanajuato. En ese entonces se le conocía como el Archivo del Despacho de la Secretaria de Gobierno, y resguardaba los documentos anteriores a la administración del gobernador Carlos Montes de Oca, así como los generados en su gestión. Este archivo estuvo a cargo del oficial archivero, quien organizaba los documentos según los lineamientos de la propia secretaría y bajo los procedimientos del Archivo General de la Nación, constituidos por Lucas Alamán.

En 1846 el reglamento del Archivo General de la Nación estableció el arreglo y mejoramiento de los archivos a su cargo, por lo que se efectuaron actividades archivísticas en varios estados de la república. Así, el mencionado Archivo del Despacho de la Secretaria de Gobierno se transformó en el Archivo General del Estado de Guanajuato. Este continuó resguardando los documentos de la Secretaría de Gobierno, además del acervo de otras secretarías creadas por el Estado, con lo que se incrementó el material documental.

En 1979 el entonces Gobernador de Guanajuato, Luis H. Ducoing Gamba, creó la Dirección de Investigaciones Históricas para encargarse del Archivo Histórico del Estado, con el fin de preservar y catalogar los documentos sin clasificar, además de fomentar la investigación histórica; para llevar a cabo dicha empresa, se dotó de edificio, estantes y mobiliario de oficina. Hacia 1984, el archivo contaba con un director, cuatro analistas, una secretaria y dos personas de apoyo.

Fue en 1989 que se construyó un edificio ex profeso, por iniciativa del entonces Gobernador del Estado, Rafael Corrales Ayala, para reunir el Archivo de Concentración y el Archivo Histórico en un solo espacio, y así facilitar las actividades archivísticas.

El Archivo Histórico está conformado por seis fondos documentales, dispuestos en más de 21 200 cajas y libros correspondientes a los años de 1704 hasta 1998. También posee acervos de apoyo, como la Biblioteca, la Hemeroteca, la Fototeca y la Mapoteca, así como áreas de procesos técnicos, entre los que se cuenta un laboratorio de fotografía, un taller de restauración y uno de encuadernación.

A la sala de consulta acuden investigadores, profesores, estudiantes, campesinos, y público en general, de procedencia nacional e internacional, para la revisión del material documental. La búsqueda del usuario se facilita gracias a la Guía del Archivo Histórico, publicada en 2001, además de los inventarios y catálogos disponibles, tanto en formato impreso como en digital.

Por muchos años la documentación histórica del Estado de Guanajuato transitó por oficinas, escaleras, pasillos, bodegas y habitaciones de varios inmuebles. Fue a principios de la década de 1980 que el Archivo Histórico contó con un espacio adaptado para tal función, en el primer piso de la casa-habitación ubicada en la calle de Cantarranas, N° 7, de la ciudad de Guanajuato.

En 1989 el gobernador del Estado, Rafael Corrales Ayala, interesado en la conservación de la memoria documental, y con el fin de reunir la documentación tanto del Archivo de Concentración como del Archivo Histórico, mandó construir un edificio único y apropiado, para así formar y albergar el Archivo General del Estado.

El espacio físico destinado para tal propósito fue el de la esquina de las calles Insurgencia y Alhóndiga, N° 1, en la zona centro de la capital del Estado. En su momento, el terreno estuvo ocupado por la hacienda de beneficio de metales de Puente de Palo, la cual, según el historiador Lucio Marmolejo, fue destruida por un incendio en 1867. En el siglo XX, la minería guanajuatense y la economía en general, comenzaron a decaer, por causa de los estragos de la Revolución Mexicana y la introducción de nuevos métodos para la extracción del mineral, entre otros factores. Así, paulatinamente, desaparecieron los beneficios mineros y muchos quedaron en abandono, como la hacienda de Puente de Palo. Con el tiempo, el terreno albergó una fundidora, hasta que el sitio permaneció en ruinas.

El edificio fue construido entre 1988 y 1989, por el arquitecto Zuzumo Asano, de ascendencia japonesa. El costo de la obra se estimó en 4 millones 127 mil pesos y fue inaugurado el 7 de septiembre de 1989 por el presidente de la República, Carlos Salinas de Gortari, la directora del Archivo General de la Nación, Leonor Ortiz Monasterio, y por Director del Archivo General del Estado, Isauro Rionda Arreguín, a quien se debe la iniciativa del recinto para el resguardo de la memoria histórica de la entidad.

El recinto tiene una superficie de 900 metros cuadrados, cuenta con cinco niveles y un sótano, y se sostiene sobre grandes columnas de acero que soportan el peso de la documentación resguardada. Una parte de su fachada está recubierta con cantera rosa y su vestíbulo está habilitado con pisos de mármol; este espacio es utilizado para realizar eventos como exposiciones, conferencias, congresos y cursos. En el interior se distribuyen los acervos documentales, la hemeroteca, la fototeca, la biblioteca y la mapoteca, así como los talleres de restauración, el de encuadernación, el laboratorio de fotografía y la sala de consulta, al igual que las áreas de trabajo administrativo.