Desde 1989, el Archivo Histórico del Archivo General del Poder Ejecutivo contó con una Mapoteca que complementó las partes del Acervo de apoyo (Biblioteca, Fototeca y Hemeroteca). La Mapoteca tiene como finalidad reunir y conservar el material de este tipo, mismo que se ha logrado por transferencias de diversas dependencias del Poder Ejecutivo, por adquisiciones y por donaciones de particulares. El acervo ha sido agrupado en diversos tipos según su naturaleza: mapas, planos y croquis, principalmente del Estado de Guanajuato; aunque también posee de otras entidades de la República Mexicana. Los soportes de estos documentos se tienen en original, en digital y en copia fotostática.
El proceso de acopio, organización y catalogación del material cartográfico ha requerido de diversas etapas o criterios: agrupación del material según su categoría (mapas, planos, cartas, proyectos, etc.), tomar en cuenta su procedencia y si formaba parte de una serie y, finalmente, cuando no fue posible determinar el organismo generador de los mismos, se agrupó por orden temático.
En la mayoría de los rubros que conforman este acervo, fue necesario subdividirlos en series o apartados, con el objeto de ampliar aún más las posibilidades de organización y clasificación. Una vez que se tuvo la organización del material por categorías, se procedió a la clasificación y catalogación de acuerdo a los lineamientos y técnicas que indica el Archivo General de la Nación.
Sección Cartográfica (clave CA): Los documentos pertenecen a los años de 1895, 1970-1995 y esta integrada en su mayoría por cartografía del estado de Guanajuato, y forma la colección más completa de este acervo. Además, abarca un número considerable de mapas y planos de zonas de los estados de Michoacán, Querétaro, San Luis Potosí y el territorio total de la República Mexicana y se subdividen de la siguiente manera:
Sección División Religiosa (clave RE): esta sección contiene documentos de los años de 1649 hasta 1882. Se trata de reproducciones de mapas, croquis, planos y otros, de los límites y extensión de las divisiones político-religiosas de los territorios de Michoacán, México y Guanajuato durante la época colonial, tales como obispados, diócesis, provincias religiosas y también algunos planos de iglesias y conventos. Por tanto, esta sección se subdivide en varios rubros:
Sección Elecciones (clave EL): la documentación es de 1982 a 1987 y se divide en dos grupos:
Campaña Política: mapas y croquis que muestran los recorridos de los candidatos en sus campañas políticas en diversas partes del estado de Guanajuato.
Distritos electorales: integrada por mapas de la división territorial de los distritos electorales del estado de Guanajuato.
Sección Gobierno (clave GO): la sección esta integrada por cartografía de los años de 1978 a 1987 y contiene cinco apartados:
Cabe mencionar que la mayor parte del acervo cartográfico son proyectos y planos para la construcción de obras de bienestar social, así como de oficinas para el buen funcionamiento de la administración pública del estado de Guanajuato.
Sección Juzgado Civil (clave JC): los años que abarcan esta sección son de 1860 a 1930 y esta integrada por croquis, planos y mapas de fincas urbanas, rústicas, haciendas y minas de la ciudad de Guanajuato y de otros municipios del estado. Estos documentos forman parte de los expedientes de la sección documental histórica Juzgado Civil del Partido de Guanajuato que, por motivos de conservación de este material, fue necesario desprenderlos de los expedientes a los que pertenecían, aunque se guarda la referencia de su fuente.
Sección Varios (clave VA): esta sección esta integrada por croquis, cuyos datos de identificación y de procedencia se ignoran, motivo por el cual no fue posible ubicarlos en alguna de las otras secciones.
Sección Sitios Históricos (clave SH): los documentos de esta sección abarcan los años de 1810-1860 y son croquis, planos, mapas, reducciones y reproducciones de escenas de carácter histórico. La temática de esta sección gira en torno a acontecimientos históricos, como batallas, fortificaciones, etcétera.
Sección Sitios Turísticos (clave ST): esta sección esta compuesta principalmente de folletería cartográfica, croquis de sitios históricos y turísticos del actual estado de Guanajuato, y de otros estados de la República.
